Nelson Fuentes como ministro de Hacienda y la directora del ISSS, Delmy Cañas de Zacarías, son los últimos funcionario en dejar su cargo en el actual Gobierno.edh
El abogado Roberto Cárcamo, quien era titular de la Dirección General de Migración y Extranjería (DGME), renunció al cargo a tan solo 10 días de la toma de posesión.
Nelson Guardado, viceministro de Obras Públicas, renunció un mes después de permanecer en el cargo.
William Granadino quien estuvo al frente de la Comisión Ejecutiva Hidroeléctrica del Río Lempa (CEL) renunció apenas un mes y 15 días después de asumir el cargo. Tras su renuncia le fue asignado el cargo de director ejecutivo del Organismo Promotor de Exportaciones e Inversiones de El Salvador (Proesa).
El economista de profesión Carlos Federico Paredes renunció al Banco Central de Reserva (BCR) el 26 de noviembre de 2019 por petición del presidente según indicó el funcionario. Paredes explicó que él fue nombrado por el presidente Bukele a pesar de saber que sobre él pesaba un proceso judicial por estafa agravada.
Ana Orellana Bendek, ministra de Salud, fue destituida el 28 de marzo de 2020, cinco días después de decretar el estado de excepción, pero el gobierno nunca aclaró los motivos de la decisión. Orellana fue sustituida por Francisco Alabi, quien según investigaciones periodísticas ha favorecido a su familia y funcionarios del Gobierno con las compras gubernamentales durante la pandemia.
María Soledad Briones de Zamora renunció a su cargo a principios de julio como Directora del Instituto Salvadoreño para el Desarrollo de la Mujer, de acuerdo con una publicación del Diario Oficial.
Nelson Fuentes, ministro de Hacienda, renunció el 27 de julio de 2020. En su lugar asumió el cargo Alejandro Zelaya, quien fungía como Viceministro de Ingresos y de acuerdo con una investigación de El Diario de Hoy, es director de una empresa que vendió mascarillas al Gobierno por $750,000.
Delmy Cañas de Zacarías renunció el 31 de julio de 2020 a la dirección general del Instituto Salvadoreño del Seguro Social (ISSS) , después de seis meses en el cargo. Antes de asumir este cargo ella trabajo en la droguería Sinquimia, empresa de la familia del presidente de la República.
